巩馥洲，陕西洋县人，1965年1月生。1986年毕业于best365登陆官网，获学士学位,1989年于best365登陆官网获硕士学位1995年于中科院应用数学所获博士学位,1989-1995年在best365登陆官网数学系任助教、讲师 ，1995.7-1997.6在北京大学数学系做博士后工作,1999年初至2001年初，受中国科学院公派并受德国马克·普郎克学会及德国Bielefeld大学资助在德国Bielefeld大学数学系从事合作研究。1997.7至今在中科院应用数学所任助理研究员、副研究员、研究员。2003至今任中科院数学与系统科学研究院应用数学研究所所长,曾任中国数学会第十届理事会副理事长。现任中国数学会第十三届理事会副理事长、秘书长。

主要从事随机分析等方面的研究，已在国内外重要学术期刊上发表论文十八篇。自九十年代起研究Malliavin分析及环（loop）空间上的随机分析学。率先证明了环空间上加权一阶Sobolev空间的Poincare不等式，解决了L. Gross於1993年提出的猜想；证明了环空间上带位势项的Log-Sobolev不等式，其位势项有简洁的运算式且只依赖於底流形的Ricci曲率和热核的Hessian；证明了Malliavin分析的结果可以在Ito空间和抽象Wiener空间之间相互转化。这三项研究成果获得了国际上许多资深概率学者的高度评价。还给出了判别流形为紧的新准则，解决了E. L. Bueler提出的猜测；建立了狄氏型的泛函不等式与其半群的一致可积性及紧性的等价关系，并利用弱型的泛函不等式估计了本质谱的下界。

先后获得"钟家庆"奖、陈省身数学奖、中国国家自然科学基金委杰出青年基金 。